Die Gemeinde geht hervor aus der St. John’s Lutheran Church (Crichton Street), in der es seit Ende des 19. Jahrhunderts deutschsprachige Gottesdienste neben den englischsprachigen gegeben hatte. Als im Jahr 1965 beschlossen wurde, sich auf die englische Sprache zu beschränken, trennte sich eine Gruppe der deutschen Gemeindeglieder und gründete eine eigene neue Gemeinde, die zunächst Gottesdienste im YMCA abhielt.
Am 31. Oktober 1965, dem Reformationstag, fand der offizielle festliche Gründungsgottesdienst der Deutschen Evangelischen Martin Luther Gemeinde statt. Der Präsident der Gemeinde nahm Kontakt zur Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) auf, die seither die Gemeinde begleitet und unterstützt.
Im Juni 1967 erwarb die junge Gemeinde das Gebäude auf 499 Preston St, in dem im September ein feierlicher Festgottesdienst stattfand. Die EKD hatte den Kauf der Kirche unterstützt und der Gemeinde eine Glocke geschenkt, die am 11. Mai 1969 zum ersten Mal zum Gottesdienst rief.
Auf Anraten der EKD schloss sich die Gemeinde 1974 der Eastern Synod der Lutheran Church in America an. 1986 bildete sich daraus die Evangelical Lutheran Church in Canada, zu der die Gemeinde bis heute gehört.
Seit 1975 schickt die EKD der Gemeinde Pfarrer aus Deutschland.
Eine ausführliche Darstellung der Geschichte der Martin Luther Gemeinde finden Sie in der Festschrift zum 40. Jubiläum.
Mit dem Jahr 2018 beginnt ein neues Kapitel in der Geschichte der Martin Luther Kirche. Die Gemeindeglieder der Mt Calvary Kirche sind der Martin Luther Kirche beigetreten. Die Deutsche Evangelische Martin Luther Kirche ist umgezogen in die ehemalige Mt Calvary Kirche und befindet sich nunmehr also auf 933 Smyth Road. Das Gebäude auf 499 Preston St soll verkauft werden. Zusätzlich zu ihren deutschsprachigen Gottesdiensten bietet die Martin Luther Kirche nun für den englischsprachigen Zweig ihrer Gemeinde sonntags auch englischsprachige Gottesdienste an.